《黑珊瑚》以南海北部湾的渔排小镇为故事舞台，讲述海洋生态研究员林漫因收到匿名线索，返乡调查十年前父亲出海科考离奇失踪的悬案，意外牵出当地潜藏多年的非法盗采稀有黑珊瑚产业链的故事。回到故土的林漫，与坚守祖辈珊瑚养护站的发小阿橹从误会重重到解开芥蒂，二人在一众感念海洋馈赠的老渔民、返乡青年志愿者帮助下，顺着近年近海渔业减产、珊瑚礁连片白化的异常痕迹顺藤摸瓜，逐步戳破本地商人陈天放打着“深海生态养殖”幌子，暴力盗采黑珊瑚走私牟利、当年为掩盖恶行谋害林漫父亲的真相。最终众人联手固定完整证据链，协助海警端掉非法盗采团伙，在被毁礁盘上启动人工珊瑚复育计划，让沉寂多年的黑珊瑚礁重新焕发生机，守住了小镇世世代代赖以生存的蓝色家园。
