《天眼者镇天司》以架空大靖王朝为背景，讲述天生额带“天眼”印记、能辨妖邪浊气、回溯案发瞬间残像的将门遗孤沈砚的故事。当年沈家被诬通妖遭满门抄斩，年少的沈砚被专查诡案、制衡跨界妖物的特殊机构镇天司老统领暗中救下，隐姓埋名在司内当差，凭着特殊能力破获不少民间怪案，却始终不敢暴露身份追查家族旧案。直到京城接连发生重臣离奇失魂、祭天法阵异动的连环奇案，所有线索都指向二十年前的沈家冤案，沈砚与搭档——武功高强、素来不信“妖邪之说”的镇天司女捕头苏菱一路抽丝剥茧，一步步撕开宗室藩王勾结恶妖、妄图用上古邪阵颠覆朝局的阴谋，揪出当年构陷沈家的内鬼，最终联合同仁击碎邪阵，不仅洗清了沈家百年将门的清誉，更守住了人妖两界的结界屏障，成为镇天司新一代掌印人。
