《万妖化神通》的故事发生在人妖两界以封界墙隔绝三百年的大背景下，天生携有半块上古万妖骨的半妖少年沈砚，本在边陲小镇隐姓埋名靠打零工过活，因意外显露妖力被卷入“集齐两块万妖骨就能解锁统御万妖的绝世神通、一统两界”的传闻漩涡，遭到玄门败类与恶妖势力的双重追杀。逃亡路上他先后结识了为寻找族中失窃圣物下山的狐族圣女苏九儿、因看不惯玄门虚伪勾当下山游历的落魄捉妖师顾长风，三人从互相猜忌提防到逐渐并肩同行，一路戳破多桩嫁祸妖族、屠戮凡人的阴谋，最终揪出三百年前人妖大战背后假死挑事的幕后黑手——当年为夺神通故意挑动两界血战的玄门前长老墨尘子。三人最终没有独占神通力量，而是借万妖骨的共鸣重启两界共生契约，撕碎了墨尘子靠屠戮炼化万妖登顶的野心，让封界墙两侧的人与妖重新找回了互不侵扰、各安其居的平衡。
