故事设定在近未来的日本新港市，此时人脑可直连全域网络，全身义体改造技术日趋成熟，高科技网络犯罪也随之猖獗。顶级科技企业阪华机械打造出全球首个“全义体改造人”——仅保留人类原生大脑、躯体全为机械构造的米拉·基里安（即草薙素子），将她安排进直属公安九课，在课长荒卷大辅带领下，和巴特、陀古萨等队员搭档，专门处理高危科技犯罪案件。 行动中，九课接连遭遇针对阪华高管的连环刺杀，所有线索都指向行踪诡秘的顶级黑客“久世”。随着调查深入，素子逐渐发现自己被植入的“空难幸存、家人罹难”记忆全是阪华伪造的谎言：她原本是反抗企业非法人体实验的逃亡少女，当年被阪华强行抓捕成为初代义体实验的“成功样本”，久世则是和她一同逃亡的同伴。最终素子击破阪华高层灭口阴谋，接纳了真实过往，带着公安九课继续在义体与数据交织的边界，守护“人之为人”的核心底线。
