《X战警97第二季》承接前作剧情，X教授随希阿帝国舰队离境疗伤后，万磁王恪守对挚友的承诺执掌泽维尔天赋少年学院，试图带领变种人群体谋求与人类的和平共处，却因前季末的基诺沙遇袭余波陷入困局：全球反变种人极端思潮借势抬头，军方秘密推进升级后的“主模哨兵”项目，蛰伏已久的惊恶先生暗中串联各方势力，一边觊觎琴·葛蕾体内逐步觉醒的凤凰之力碎片，妄图借此打造可控的变种人终极兵器，一边挑唆魔形女率领的兄弟会激进派、万磁王旧部向X战警发难，刻意制造流血事件栽赃学院，意图引爆人变种人全面战争。镭射眼临危统筹团队，带领金刚狼、暴风女、罗刹女、牌皇等核心成员，一面应对哨兵围剿、平息内部理念分歧，一面拆解惊恶先生的阴谋，在凤凰力量失控风险、队友信任羁绊经受考验的重重困局中，最终挫败变种人灭绝计划，守住了不同群体共生的底线，也让公众看清了极端势力挑动对立的真面目。
