《银翼杀手2099》的故事设定在《银翼杀手2049》剧情落幕50年后的2099年，持续上涨的海平面已吞噬洛杉矶近三分之一城区，曾垄断复制人产业的华莱士财团破产解体后，新巨头安塞利科公司靠植入绝对服从指令的Nexus-X型量产复制人劳工，掌控了全球灾后重建核心产业链。因复制人平权运动停滞多年被裁撤的银翼杀手部门突然重启，探员艾拉·科特接到密令，潜入沿海被淹没的废弃穹顶区，追查一批失联三十年、涉嫌制造多起恐袭的初代隐世复制人。追凶过程中艾拉逐渐发现，这批复制人并未主动策划袭击，只是守护着半个世纪前戴克与瑞秋留下的、能证明复制人可自然繁衍的原始基因样本——这份样本一旦公开，将直接击穿安塞利科“复制人是无自主意识商品”的统治根基，而艾拉自己正是当年被秘密送出穹顶区的首个自然繁衍复制人二代，她必须在公司的灭口追杀、复制人阵营的拉扯中，选择是否捅破人类与复制人维持百年的身份谎言。
