承接第一季结尾上清宗宗主沈清辞率麾下神兽团暂时封堵魔界裂隙的剧情，《宗主的神兽修仙团第二季》围绕裂隙背后暗藏的三界阴谋展开。临危接手上清宗的“摆烂宗主”沈清辞，本以为带着掉毛重明鸟、嘴馋饕餮、怕雷墨麒麟、记仇九尾狐这四个“问题神兽”补好宗门围墙、攒够月供就能安稳度日，却发现裂隙溢出的魔气里混着仙界独有的净化灵光，顺着线索追查，竟牵出千年前将四位神兽打落神位、刻意挑起仙魔大战的幕后黑手——伪善的仙界玄帝。对方想借裂隙松动吞噬神兽本源、颠覆三界秩序，平日里拆家互坑的神兽团终于放下各自心结，从互相拆台的“宗门拖油瓶”变成并肩作战的生死伙伴，联手戳穿玄帝伪善面具，彻底封死两界裂隙，不仅帮四位神兽重归神位，也让曾经破落的上清宗成了三界公认的硬核修仙宗门。
