《碧蓝之海第三季》依旧围绕伊豆大学潜水社“Peek a Boo”的爆笑热血日常展开，升上大二的北原伊织、今村耕平终于熬成“老社员”，一边要应付社团招新时被“清新海边青春社团”宣传骗来的新大一学弟学妹，一边跟着古手川奈奈华、滨冈梓两位学姐备战全日本大学生潜水交流赛的伊豆大岛潜点考核。俩人日常逃不掉迎新会“可燃乌龙茶”“生命之水”的轮番洗礼，今村耕平次次因为追声优联动周边、穿痛衣潜水闹出社死名场面，北原伊织则在和古手川千纱的日常互怼里，慢慢摸清了自己对潜水、对身边人的真实心意。看似鸡飞狗跳的社团日常里，所有人都攒着劲刷训练时长、打磨潜水技巧，最终一行人不仅凭着默契配合拿下交流赛团体潜点探索奖，还如愿潜到了传说中覆满荧光珊瑚的秘密潜点，把属于少年们的海边青春，往深蓝海底下扎下了扎实又滚烫的一截。
