故事发生在海平面上升、海洋都市发达的近未来日本，女孩们为成为守护海洋的职业女性“蓝色人鱼”进入海洋高中。开朗的岬明乃刚入学就被任命为驱逐舰“晴风”的舰长，与认真的副舰长宗谷真霜及一众性格鲜明的女同学登舰实习。谁料首次远洋训练中，指导舰突然向她们开火，晴风被诬为叛乱舰，遭到全校舰队追捕。明乃带着船员一边躲避炮击、一边联络友舰，逐渐发现追捕她们的师生其实感染了会使人狂暴化的病毒，幕后还牵涉海洋机构的秘密实验。她们靠着默契与奇策，在海上连番突围，救助感染者，联合其他航舰查明真相，最终阻止危机，洗清冤屈，也真正成长为值得信赖的船员。
