宇宙世纪0105年，距第二次新吉翁战争已过去十二年。地球联邦政府的腐败统治愈发专横，一个名为“马夫蒂”的反政府组织以暗杀高官的方式发起抵抗。其领袖马夫蒂·纳比尤·艾林，真实身份正是传奇舰长布莱特·诺亚之子——哈萨维·诺亚。在前往地球的途中，哈萨维邂逅了拥有神秘感知能力的少女琪琪·安达露西亚，她的言语与存在令他心神不宁，却也推动他坚定迈向马夫蒂的目标。与此同时，联邦军大佐凯奈斯·斯雷格受命追捕马夫蒂，并与刑事警察机构汉德利·约克桑暗中勾结，布下天罗地网。哈萨维驾驶新型机动战士“Ξ高达”展开行动，凯奈斯则以“佩涅罗佩”迎击。在理想与现实的夹缝中，哈萨维的决断将撼动地球圈的未来，而琪琪也因自身使命前往香港，三人的命运在战火中交错。
