《绝世战魂第二季》承接前作剧情，讲述苍岚国少年武者秦南身怀被世人误判为废魂的太古战神魂，在走出南域边陲宗门、踏入更广阔的九域武道世界后，因战魂散逸的太古威压意外暴露特殊体质，引来上界传承势力天机阁、域内霸主李家的双重觊觎——前者想将他炼成活体魂器供宗门圣子破境，后者要报秦南此前废李家嫡子修为的旧怨，两方势力联手对他展开跨域追杀。秦南一路结识身负妖族皇族血脉的至交林飞、手握秘境传承的妙妙公主，组队闯九域战魂试炼塔、寻上古战神遗藏，在一次次生死搏杀中解锁战神魂的层层封印，不仅揪出潜藏在正道宗门里的天机阁内奸，更在九域武道大比上正面击溃各路围剿势力，以少年战魂之姿打破上界势力对下界武道的千年压制，正式踏上通往更浩瀚上界武道世界的新征途。
