《铠真传武士骑兵2》的故事发生在前作封印暗蚀邪神的三年后，曾凭红铠骑兵甲救下江户城的年轻武士铠真，正带领重组的武士骑兵队奔走在关东各藩，清剿邪神残留的暗蚀浊气。谁知各地接连出现被浊气侵染、毫无神智的傀兵作乱，所有线索都指向铠真少年时追随、却在三年前封魔大战中被判定战死的大师兄凛风。原来凛风当年并未殉职，意外被邪神残魂寄生后，又撞破幕府高层私吞赈灾粮、勾结暗蚀余党嫁祸武士阶层的阴谋，决意借邪神力量掀翻腐朽统治，哪怕背负骂名也在所不惜。铠真在追查中逐步撕开真相，既不肯认同师兄“以杀换变”的极端路径，也不愿再做幕府打压异己的刀，最终联合各派武士传人与尚存心智的凛风捣毁内鬼据点，彻底净化最后一缕邪神残魂，为骑兵队立下“只护百姓、不附权贵”的新规矩，凛风却在终战中耗尽气力，留下一句“以后的路要走对”便消散在风里。
