崇祯十七年，李自成破京，崇祯自缢煤山，天下崩裂。第五季以“南明初立”为叙事主线，围绕弘光朝廷的仓皇建制与诸镇内斗展开。史可法坐镇扬州，力图整饬江北四镇，却深陷马士英、阮大铖把持的朝局泥淖；左良玉拥兵自重，以“清君侧”之名挥师东下，与江北将领黄得功、刘良佐、高杰、刘泽清各怀鬼胎，互不相援。与此同时，多铎率清军南下，破徐州、渡淮河，兵锋直指扬州。朝堂之上，东林复社与阉党余孽的党争愈演愈烈，弘光帝沉湎酒色，朝政糜烂。民间抗清义军蜂起，阎应元、陈明遇困守江阴，以孤城抗清八十余日；太湖农渔百姓揭竿而起，赤脚张三率众袭扰清军粮道。本季在朝堂倾轧、将帅离心与百姓血战的交织中，逐步推向扬州十日、南京开城的历史悲局，刻画末世君臣、士人、武将与庶民在存亡之际的挣扎与抉择。
