故事发生在《魔法少女奈叶StrikerS》落幕五年后，已是时空管理局航空魔导师王牌教官的高町奈叶，与搭档菲特·泰斯特罗莎、八神疾风率领重组后的机动六科，接连处置多起跨次元魔导器恶性暴走事件：作案者总能精准击穿管理局防御网，以特制枪焰系魔导术留下大范围魔力灼伤痕迹，甚至一度逼近管理局核心次元船坞，造成多艘次元舰瘫痪停摆。 众人顺线追查发现，幕后策划者是十年前次元断层搜救任务中被管理局按规程放弃、在次元夹缝中艰难存活的前精英魔导师夏侬。她携融合古代贝尔卡复仇武具的专属魔导器“炽焰枪刃”，要掀翻她眼中漠视基层魔导士性命的管理局体系。最终奈叶没有选择歼灭式作战，扛住对方的全力炮击走到夏侬面前，以“绝不落下任何一个同伴”的信念接住了对方积压十年的恨意，既阻止了次元崩毁的危机，也把迷失在复仇里的夏侬拉回了正道。
