在太一等人告别数码世界后，数码世界并未就此安宁，新的危机再度降临。为了维护数码世界与人类世界的和平，新一代被选中的孩子应运而生。太一、阿和、素娜等前辈已升入初中，逐渐淡出一线战斗，阿武与小光成为连接两代人的桥梁。新的主角本宫大辅、井之上京、火田伊织等人接过使命，与V仔兽、麻鹰兽、穿山兽等新数码宝贝搭档，在亚古兽、加布兽等初代伙伴的协助下，共同对抗强大的邪恶势力。与此同时，神秘的暴龙改造者出现，他肆意奴役数码宝贝、扰乱数码世界秩序，成为众人最大的威胁。随着战斗深入，新老两代被选中的孩子逐渐团结一致，揭开暴龙改造者背后的真相，也重新理解了勇气、友情与责任的意义，最终合力守护了数码世界与人类世界的和平。
