宇宙世纪0105年，即第二次新吉翁战争“夏亚的反叛”终结十二年后的地球圈，联邦政府的腐败与地球至上主义令宇宙移民的怒火持续发酵。一个名为“马夫蒂”的神秘组织以暗杀联邦高官的激烈手段，向腐朽的统治秩序宣战。其领袖马夫蒂·纳比尤·艾林，真实身份正是昔日传奇舰长布莱特·诺亚之子——哈萨维·诺亚。他继承了父亲未曾熄灭的理想之火，也背负着少年时代未能拯救葵丝·帕拉雅的悔恨，选择以恐怖之名叩问时代的良知。 在达尔文港的暗夜中，哈萨维邂逅了拥有预知能力的少女琪琪·安达露西亚，她的通透与危险如同旋涡，令哈萨维的信念与私人情感陷入剧烈的撕扯。与此同时，联邦军大佐凯奈斯·斯雷格受命追剿马夫蒂，他敏锐地察觉到这场叛乱的背后，隐藏着远比恐怖袭击更为深刻的时代症结。三方势力各自怀揣目的，在一连串空中劫机、城市追逐与海上死斗中逐渐收束。最终，哈萨维驾驶新型MS“Ξ高达”与联邦军的“佩涅罗佩”展开宿命决战。在炽烈的光束与破碎的殖民卫星残骸之间，一个关于理想、牺牲与世代传承的悲剧，正缓缓落下帷幕。
