《新宝可梦》的故事开篇，小智带着跟了他一路的皮卡丘，在老家真新镇接到了樱木研究所的特别研究员邀约，刚好撞上了一门心思想追上梦幻、立志收服所有宝可梦的同龄少年小豪，俩人凑成搭档，就此开启了跑遍关都、伽勒尔、帕底亚等所有宝可梦聚居地区的冒险，所长家抱着伊布的慢热女儿小春也常跟着凑凑热闹。一路上他们安抚过失控极巨化的宝可梦，拆穿过火箭队的老套坏招，小智铆着劲冲世界锦标赛，从最低等级一路打进决赛，硬生生赢了不败王者丹帝，坐实了世界第一训练家的位置；小豪也攒了厚厚一本图鉴、闯过梦幻计划的层层考核，最终在秘境里和心心念念的梦幻打了照面。故事最后俩人选了不同方向追梦，小智这段横跨二十多年的冒险也落了个暖融融的节点。
