《末日霸主开局一座破基地第一季》的故事发生在血雨灾变后的第三年：全球九成人类异化为嗜血丧尸，动植物发生恐怖变异，残存人类在秩序崩坏的废土上挣扎求生。原本是建筑工程队队长的林野逃亡途中误入城郊半塌的废弃人防工事，意外激活绑定“末日霸主基地系统”，开局全部家当只有漏风的破铁门、半袋发霉存粮、三个躲在工事里吓破胆的老弱幸存者，连围护墙都塌了三分之一。 靠着系统解锁的建筑、防御、生产模块，林野带着陆续收拢的幸存者补围墙、架哨塔、开垦无土栽培田、自制防御武器，一边清剿周边游荡的丧尸和低阶变异兽搜集物资，一边打退数波过来抢粮抢人的掠夺者团伙，先后吸纳了懂机械维修的退伍兵、会育种的农学生、有临床经验的社区医生等各有所长的伙伴，把原本风一吹就散的破基地，经营成了周边三十里内最有安全感的幸存者聚居点。第一季结尾，刚站稳脚跟的小基地，就被席卷而来的二阶变异兽潮、和盘踞市区压榨幸存者的武装割据势力同时盯上，更大的危机悄然逼近。
